Desde que se marchó del Real Valladolid, el andaluz nunca recuperó su nivel y, tras participar muy poco en el Sevilla, su carrera nunca llegó a relanzarse
Los 2000 no solo significaron un cambio de siglo, para algunas personas, como Fernando Sales, el nuevo siglo XXI les dio la oportunidad de enfundarse la camiseta de un equipo de fútbol de la Primera División española. Y así fue para el futbolista sevillano, que tras pasar por las filas del Isla Cristina en Segunda B, ascender al fútbol profesional al Levante y cuajar un buen año en Segunda División con el equipo mediterráneo, llegó al Real Valladolid para debutar en la élite del fútbol español.
En su primer año, el centrocampista cuajó una buena campaña, en la cual se vistió de corto en veinticinco ocasiones llegando a marcar dos goles. Estos números en su debut en Primera División le llevaron a convertirse en un indiscutible del once inicial las dos próximas temporadas. Llegó a disputar 38 encuentros ambos años y anotó seis goles en cada uno de ellos. Fernando Sales era una pieza clave del sistema blanquivioleta.
Su protagonismo continuó patente el curso siguiente, el 2003/04. Sin embargo, el final de esa historia acabó de una forma muy diferente. El equipo descendió a Segunda División, Fernando Sales fue de los pocos jugadores que cumplió con un rendimiento medianamente aceptable y su cartel como jugador de futuro hizo que abandonase el club vallisoletano para recalar en el Sevilla FC.
En el equipo de su ciudad natal no llegó a cumplir con las expectativas. Allí estuvo tres temporadas seguidas, en las que logró dos Europa League, una Copa del Rey y una Supercopa de Europa. En todas ellas tuvo un papel meramente testimonial, el futbolista sevillano no rindió al nivel que se esperaba, lo que le hizo en 2007 dar un paso atrás en su carrera.
Entonces, fichó por el Celta, recién descendido a Segunda, y tampoco fue un buen año, pues tuvo hasta cuatro entrenadores y, por si fuera poco, no estaba en una buena situación económica. Esto provocó que el club gallego se endeudase con Sales, que capitalizó dicha deuda en acciones del club. Tras pasar por allí, puso rumbo a la esquina contraria de la península, donde se enfundó la camiseta del Hércules de Alicante. Sumido en una vorágine deportiva nefasta, se vio abocado a abandonar la categoría de plata del fútbol español.
Posteriormente firmó por el Albacete, donde recuperó los minutos que no había tenido en Vigo y Alicante, llegando a disputar 35 partidos. Finalmente, se marchó a Madrid, para vestir los colores del Alcorcón. Es allí donde, tras cuatro temporadas, puso punto y final a su carrera como futbolista profesional y fue allí donde, en la temporada 2011/12, estuvo a punto de dejar al Real Valladolid sin el ascenso, ya que en la vuelta de la final de los play-off, anotó el 0-1 en Zorrilla que empataba la eliminatoria e instauraba los nervios en todo el estadio. Pocos minutos después Javi Guerra devolvió la tranquilidad a los vallisoletanos, que finalmente acabarían certificando el ascenso.
Tras retirarse como jugador profesional, Fernando Sales se preparó para ser entrenador, lo que le llevó a ser en 2019 el segundo entrenador en el equipo de la AFE, club que reuné a diferentes jugadores sin equipo para que no pierdan la forma. Actualmente en 2021 se desconoce donde entrena el exfutbolista.
