El conjunto alicantino ha jugado cuatro temporadas en primera división, suficientes para tener la consideración de histórico.
El Alcoyano es un equipo conocido por todo aquel que tiene un cierto aprecio al fútbol, pero pocos conocen su verdadera historia. El conjunto alicantino logró su primer ascenso a segunda división en 1942 y durante algo más de una década se convirtió en un equipo ascensor, alternando la primera y la segunda división.
Su primer gran éxito fue conseguir ser el campeón de la segunda división en 1945 y, por tanto, lograr también su primer ascenso a la máxima división del fútbol español, en la cual debutaría derrotando al Murcia a domicilio 2-3.
En esa primera temporada en la élite, el Alcoyano logró imponerse a equipos de la talla del Athletic, Celta de Vigo, Hércules, Atlético Aviación o al ya nombrado Murcia, pero quedó clasificado en penúltima posición y descendió. Posee una trayectoria de cuatro temporadas en primera división y doce en segunda división. Su mayor logro en liga ha sido un décimo puesto en primera en la temporada 1947/48, en la que quedó por delante del Real Madrid.
Un año después volvió a lograr el título de campeón de la segunda división y regresar así a la primera división. En esta temporada 47-48, el Alcoyano logra un hito inédito hasta ahora en su historia: la permanencia, que la consigue quedando la citada décima plaza, una por encima del todopoderoso Real Madrid.
Al año siguiente, en la temporada 1948/49 volvió a caer en la desgracia del descenso. En la campaña siguiente, la 1949/50, el Alcoyano volvería a proclamarse campeón de la segunda división una vez más. Compitió la siguiente temporada en la categoría de honor del fútbol nacional, la última hasta la fecha en la élite.
Durante su periplo en la primera división, el Alcoyano se ganó la fama de ser un equipo duro, aguerrido y con tesón, a pesar de las limitaciones técnicas de sus jugadores e institucionales. Sus temporadas en la división de oro fueron siempre agónicas y trágicas, pues ocupaban siempre los puestos de la cola y luchaban por la permanencia, algo que lograron en sólo una ocasión.
Sin embargo, las personas que componían el club, ya fuesen jugadores o directivos, mostraban siempre una gran confianza en sí mismos y en la posibilidad de lograr sus objetivos, algo que iba en contra de lo que pensaba la opinión pública. Es por eso que se generalizó la expresión «tener más moral que el Alcoyano», dicho que se acuñó en aquellos años y que sigue presente actualmente en el refranero español.
Otra versión menos extendida sobre la aparición de este dicho tiene su origen en un partido en concreto, donde el Alcoyano perdía por goleada, pese a lo que el equipo al completo protestó airadamente al árbitro el no haber pitado el final del partido a su debido tiempo y hacerlo un minuto antes de que se cumpliera el tiempo de descuento. Es tal la aceptación de dicha expresión en la ciudad alicantina que el himno del club, compuesto en 1979, se titula «La moral del Alcoyano».
