El club soriano comenzó a ser un habitual de las categorías profesionales a partir de 1996.
A pesar de que muchos jóvenes consideran al Numancia como un clásico de segundo a un equipo que no nos extraña ver en primera, esto no siempre fue así. Y es que el equipo soriano está viviendo su época dorada.
Durante los 70 y los 80, el club de Soria peregrinó entre las distintas categorias regionales y la tercera división y hasta la temporada 1988/89 no logró ascender a Segunda B, punto de inflexión en el que el club de Los Pajaritos no pararía de crecer.
A partir de la llegada de Lotina al banquillo en la temporada 1992/93 hubo otro cambio: el Numancia pasaba de ser un candidato al descenso a un candidato al ascenso a segunda. Esto también suponía que los rojillos se clasificasen para la Copa del Rey, una competición que les hizo grandes. Los aficionados sorianos se dieron cuenta de que tenían un gran club con el que podían soñar con metas mayores.
Fue esa Copa del Rey la que abrió los ojos de los sorianos. En la primera fase superaron con apuros al San Sebastián de los Reyes, y en la siguiente ronda se cruzarían con la Real Sociedad. Los txuri urdin fueron ridiculizados en Los Pajaritos y, tras sufrir mucho en Donosti y superar una tanda de veinte penalties, el Numancia dejó en la cuneta al conjunto vasco entrenado por Salva Iriarte.
Pero el conjunto entrando por Lotina no se quedó ahí. Su siguiente víctima fue el Racing de Santander, que no consiguió marcar en Los Pajaritos. En el Sardinero, un gol de Barbarin dio el pase al conjunto soriano y le otorgó el sobrenombre de «matagigantes». El nombre del Numancia ya se oía en todos los foros futbolísticos, y los medios no paraban de mencionar la gesta del club soriano.
La trayectoria del Numancia en esta Copa pasó a ser histórica en la siguiente eliminatoria a costa de un Sporting que en aquella época era un reconocido equipo de Primera. Tras un gran partido en Soria, donde los numantinos vencieron por 2-1 a los asturianos, los de Gijón fueron incapaces de marcarle en El Molinón a Echevarría, meta numantino que disputó todos los minutos de la Copa.
Un modesto equipo de Segunda B, y que prácticamente era inexistente para los medios de comunicación, se había plantado en los cuartos de final de la Copa del Rey de Fútbol. En Soria solo cabía una posibilidad: soñar.
Real Madrid, Barça o Atlético de Madrid eran algunos de los ocho rivales que entraron en el bombo junto a los numantinos. En la primera bola salió el Barça, que inmediatamente se emparejó con el Numancia, al ser el equipo de menor categoría de cuantos componían el sorteo. A la delegación soriana presente en la Federación se le iluminó el rostro.
El Numancia le plantó cara al todopoderoso equipo de Johan Cruyff y tras empatar a dos goles en Los Pajaritos cayó con honra en el Camp Nou por tres goles a uno. Fue una noche mágica para Soria, pues más de 15.000 sorianos coparon entusiasmados uno de los rincones del coliseo blaugrana.
Tras la proeza de la Copa, Soria y el Numancia estaban llamados a seguir haciendo grandes cosas en el fútbol español. La directiva presidida por Francisco Rubio continuó su gran labor para lograr el ascenso a segunda división. El año siguiente, en la temporada 1996/97, el Numancia gracias a un espectacular tramo final de temporada, se clasificó para disputar la liguilla de ascenso y no defraudó.
Soria vivió otra noche gloriosa cuando su equipo ganó 2-0 en Los Pajaritos al Recreativo de Huelva. El Numancia volvía a ser, por fin, un equipo de segunda. Después de cincuenta años de lucha, los rojillos regresaron a la división de plata con el apoyo de una afición más ilusionada que nunca.
La primera temporada en segunda fue muy dura. El Numancia logró la permanencia en la última jornada y fue tan celebrada como el ascenso del año anterior. La temporada 1998/99 es otro de los años grabados en el corazón de la afición numantina. Con Lotina en el banquillo, comenzaba la segunda temporada consecutiva del Numancia en la división de plata.
En contra de lo que podía pensarse a inicios de campaña, un nuevo modesto daría, al finalizar ésta, el salto a la primera división. No fue una tarea sencilla, pero un final arrollador permitió conseguir sueño de Soria. Se consiguieron doce puntos de los doce últimos posibles y, tras vencer otra vez al Recreativo por 3-0, el Numancia se convirtió en equipo de primera división.
En sólo cuatro años el Numancia había pasado de ser casi un recién llegado a Segunda B a convertirse en un equipo conocido por toda España, capaz de poner al ‘Dream Team’ contra las cuerdas en Copa del Rey y, entonces, alcanzar el cielo de de primera. El catorce de enero fue otra fecha importante de aquella histórica temporada. El equipo abandonó el estadio de atletismo de Los Pajaritos para estrenar el Nuevo Estadio de Los Pajaritos, ya sin pista de atletismo, muy novedoso y que se convirtió en una referencia para los clubes de la Liga.
El Numancia comenzó su andadura en primera división bajo las órdenes en el banquillo de Andoni Goikoetxea. Los sorianos sabían que tendrían que pelear y sufrir, pero el equipo se salvó una jornada antes del fin de la competición. Tras el empate logrado en Vitoria frente al Alavés de Mané, el Numancia seguiría un año más en la máxima categoría del fútbol nacional.La siguiente temporada, la 2000/01, fue también compleja para los sorianos, pero en esta ocasión no acompañó la suerte y el Numancia descendió a segunda.
Aquellos primeros dos años en primera dejaron grandes tardes de fútbol e inolvidables marcadores como el 3-1 frente al Real Madrid o las victorias frente al Barça, un equipo que sigue tropezando cada vez que viaja a tierras sorianas. El Numancia no lograba hacerse con la permanencia en la máxima categoría, pero era ya uno de los grandes, un equipo del fútbol profesional consolidado y respetado.
Pero la primera división no quedó en un paso efímero, sino que el Numancia la hizo su hogar en varias temporadas más como en la 2004/05, tras el ascenso bajo la dirección de Máximo Hernández, o en la 2008/09.
En estos años el Numancia se ha consolidado en el fútbol profesional y su gestión se ha visto avalada con el respaldo de los órganos de la dirección de la Liga, así, el club rojillo, es una de las sillas fijas en las comisiones delegadas de la Liga de Fútbol Profesional.
El último logro de los sorianos fue la victoria en la temporada 2007/08 en la segunda división (entonces denominada Liga BBVA), con el consiguiente ascenso. El Numancia lideró la clasificación en las últimas semanas y le sobraron siete encuentros para asegurar el ascenso.
El último ascenso estuvo dirigido por Gonzalo Arconada. El técnico guipuzcoano lideró a un gran grupo que se mostró infalible durante toda la campaña, alcanzando al final el primer gran título para los rojillos, la Copa de Campeones de la Liga de segunda división, algo que parecía imposible al dar el pistoletazo de salida a la temporada teniendo en cuenta que el numantino era el tercer presupuesto más bajo de la categoría.
La experiencia, por ahora la última en la máxima categoría, duró apenas una temporada, de la que el recuerdo mejor guardado en las memorias sorianas probablemente sea la victoria en el debut en Los Pajaritos ante el FC Barcelona de los seis títulos gracias al tanto anotado por Mario, hoy en el Real Unión de Irún.